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生物特性与正交策略 (Biological and orthogonal characteristics)，缩写Orthogonal；
以生物特性作为基础，使用非抗体依赖方法对大量样品进行定量，并检测基于抗体和非抗体(例如RNA表达量)定量间的相关性。通过靶蛋白生物学特性变化改变抗体信号，生物学特性包括蛋白的天然差异表达、基因和蛋白水平变化特点、代谢水平变化以及信号通路改变等特性。
如天然差异对照验证部分靶标蛋白天然存在组织、细胞特异性，可以利用多组天然差异表达的细胞或组织作为对照，如ER 、PR 、Her-2在不同类型乳腺癌中存在表达差异。差异表达蛋白质作为重要的肿瘤标志物,被广泛运用于癌症的病理研究,预后预测以及药物靶向治疗。
Immunoway抗体举例：
PR在不同类型乳腺癌中存在表达差异
Cytokeratin 5/6在不同正常组织/不同肿瘤组织中存在表达差异
如某些靶标蛋白需要在特定的生理条件下诱导表达，或发生表达量的改变，这种情形也可以作为特异性的参考依据。
Immunoway抗体举例：
Nocodazole与β-微管蛋白结合并破坏微管组装/拆卸动力学，从而防止有丝分裂并诱导肿瘤细胞凋亡，细胞处在G2/M期，组蛋白修饰活性增强。
如信号通路中上游蛋白对下游蛋白活性的调节（包括激活或抑制作用）主要是通过添加或去除磷酸基团，从而改变下游蛋白的立体构象完成的。包括下游基因表达的调节、细胞内酶活性的变化、细胞骨架构型和DNA合成的改变等。蛋白磷酸化是多种信号转导途径中的重要环节，细胞中大部分重要的生命过程都涉及蛋白磷酸化。
Immunoway抗体举例：
如UV诱导细胞的凋亡，依赖于DNA损伤的细胞凋亡，死亡受体介导的细胞凋亡，线粒体损伤介导的细胞凋亡等多机制多因素调控，多条信号通路相互联系，调控多基因的表达，从而执行其生物学效应。
Immunoway抗体举例：
如许多能抑制酶的催化作用的物质称为抑制剂,调控许多基因的表达，抗体检测结果存在差异，作为特异性的参考依据。
Immunoway抗体举例：
Trichostatin A (TSA)是组蛋白去乙酰化酶抑制剂。
单笔磷酸酶抑制剂可包含激活的Na3VO4和NaF。激活的矾酸钠具有抑制去磷酸化的作用。
Hydroxyurea是通过抑制核糖核苷酸还原酶抑制DNA合成的细胞凋亡诱导剂。
Etoposide通过与拓扑异构酶II和DNA形成复合物来抑制DNA合成，诱导细胞凋亡。
喜树碱(Camptothecin，CPT)，是一种细胞毒性喹啉类生物碱，能抑制DNA拓扑异构酶，诱导细胞凋亡。
如生物活性蛋白通常会有一些修饰形式，如磷酸化，糖基化等，可以通过检测修饰前后WB条带的变化来判断抗体的特异性。这时候就需要添加相应的酶来去除这些修饰形式，如碱性磷酸酶，糖苷酶等。酶法检测是也是初步验证抗体特异性较为迅速简便的方法。
Immunoway抗体举例：
碱性磷酸酶（Alkaline Phosphatase）是一种水解酶，负责从许多种分子中去除磷酸基团。
其他还有异性中和实验，一旦抗体与靶蛋白相结合即可阻断蛋白活性，进而对蛋白活性检测来验证抗体特异性。肽段芯片检测，将含有多种不同修饰组合的组蛋白肽段分成等份滴定到芯片上，以验证抗体特异性，最常见抗体是带有各种特定修饰的组蛋白。同时使用抗体依赖性和非抗体（例如RNA表达量）依赖性方法进行关联性研究等等。